分子精馏设备原理是原料从塔中部适当位置进塔，将塔分为两段，上段为精馏段，不含进料，下段含进料板为提留段，冷凝器从塔顶提供液相回流，再沸器从塔底提供气相回流。
分子精馏设备利用互溶液体混合物各组分的沸点或者饱和蒸汽压不同，使轻组分(沸点较低或饱和蒸汽压较高的组分)汽化，经多次部分液相汽化和部分气相冷凝，使气相中的轻组分和液相中的重组分浓度逐渐升高，从而实现分离。
气、液相回流是精馏重要特点，在精馏段，气相在上升的过程中，气相轻组分不断得到精制，在气相中不断地增浓，在塔顶获轻组分产品。
回流比增加，塔板的分离效率提高，当产品分离程度相应时，加大回流比，可以适当减少塔板数。但是，增大回流比是有限度的，塔内回流量的多少是由全塔热平衡决定的。
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