分子精馏设备是一种纯物理的分离过程，无毒、无害、无残留污染，是一种绿色环保的生产过程，可得到纯净安全的产物，且能够保证被提取物的天然品质，值得提倡推广。同时，分子精馏操作工艺简单，设备少。
正是由于分子精馏的诸多优点，其被广泛应用于食品药品的混合料液分离提纯，此外还应用于食品添加剂、石油、油脂、天然维生素及天然色素的提纯分离等许多领域，且许多都已实现工业化。分子精馏技术适用于不同物质分子量差别较大的液体混合物系的分离，特别是同系物的分离，分子要有相应差别。由分子精馏的分离原理可知，不同物质的分子运动平均自由程差别越大越易分离。
分子精馏技术也可用于分子量接近但性质差别较大的物质的分离，如沸点差较大、分子量接近的物系的分离。由常规精馏的分离原则可知，两种物质的沸点差越大越易分离，这一原则对分子精馏也适用。对某些沸点相差较大而其分子量相差较小的物系，也可通过分子精馏方法分离。
分子精馏技术适宜于附加值较高或社会效益较大的物质的分离。由于目前分子精馏全套装置的一次性投资较大，除了分子精馏器本身之外，还要有整套的真空系统及加热、冷却系统等。
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