分子精馏设备的分子蒸馏技能是指一种在高真空下蒸馏的方法，当蒸汽分子的平均自在程大于蒸腾表面与冷凝表面之间的间隔时，液体混合物能够通过每个COMP的蒸腾速率的差异来别离。
在必定温度下，压力越低，气体分子的平均自在程越大。当蒸腾空间的压力十分低，冷凝表面挨近蒸腾表面时，蒸腾表面之间的垂直间隔小于气体分子的平均自在程，和蒸腾的汽化蒸气分子。表面不能与其他分子产生磕碰，直接到达冷凝表面并冷凝。
分子蒸馏是一种特别的液液别离技能。它不同于传统蒸馏的沸点不同离原理，而是通过不同物质分子运动的平均自在程的差异来别离。当液体混合物沿着加热板活动并被加热时，轻分子和重分子将从液体表面逸出并进入气相。
跟着轻、重分子自在程的不同，不同物质分子从液面逸出后，移动间隔不同。假如能够恰当地设置冷凝板，轻分子到达冷凝板进行冷凝和排放。重分子不能到达凝聚板并沿混合物排出。这样，到达了资料别离的意图。
欢腾膜与冷凝表面之间的压力差是蒸汽活动的驱动力，而小的压降将导致蒸汽活动。低于1MbR的操作需求在欢腾表面和冷凝表面之间很短的间隔。依据这一原理的蒸馏器称为短间隔蒸馏。分子蒸馏具有与加热表面相对的内部冷凝器，并将操作压力下降到0.00毫巴。
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