从原理上讲，常规蒸馏基于不同物质的沸点差异进行分离，而分子蒸馏则是利用液体分子受热时会逸出的原理，通过不同种类分子逸出后的运动平均自由程不同来实现物质的分离。
其次，在分子蒸馏温度上，在远低于沸点的温度下进行作，只要有温度差就可以实现分离目的，而常规蒸馏通常在沸点温度下进行作。这一区别使得一些在沸点温度下易氧化、分解或聚合的物质，在蒸馏中能够更好地实现分离。
再者，蒸馏的真空度上，可以在高真空环境下进行，通常在非常低的压力下作，这有助于防止物料氧化和损坏。相比之下，常规蒸馏的真空度要求相对较低。
此外，蒸馏液膜和传热效率也有所不同。蒸馏中的液膜较薄，传热效率高，物料受热时间短。而常规蒸馏的液膜较厚，传热效率相对较低，物料受热时间较长。
分子蒸馏在分离程度上，能够实现更高程度的分离，可以将一些难以分离的物质进行有效分离。同时，还具有、无害、无污染的优点，可以获得纯度高的产品，作过程也更为简单且设备需求较少。 总的来说，分子蒸馏和常规蒸馏虽然都是蒸馏技术，但在原理、作温度、真空度、传热效率以及分离程度上都存在显著差异。因其的优势，特别适合于处理高沸点、热敏性以及易氧化的物质。
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