分子蒸馏实验适合用来进行分子蒸馏，因为分子流直接从受热面到冷凝器表面。分子蒸馏有四个过程：
1.分子由液相体向蒸发表面扩散。
分子蒸馏实验一般而言，液相中扩散速度是影响分子蒸馏速度的主要因素，所以，应尽可能减薄液层厚度，并加强液层流。
2.液体表面分子的自由蒸发过程。
随着温度的升高，蒸发速率逐渐提高，但在温度升高时，分离因子逐渐减小，因此，必须以被加工物的热稳定性为前提，选择经济合理的蒸馏温度。
3.在凝结表面上，分子从蒸气释放出来。
蒸汽分子从蒸发表面向冷凝表面喷射出来，就有可能使它们互相碰撞，而且还可能与残留在两面之间的空气分子相碰撞。由于蒸发分子要比空气分子重，其运动的大多数方向都是一致的，所以，它们之间的碰撞对飞射方向和蒸发速度没有明显的影响。但是，气体分子中混杂的热运动状态在两面之间会出现，因此，影响飞射方向和蒸发速度的主要因素是气体分子数量。
4.分子在凝结表面凝结。
分子蒸馏实验只有使冷、热两面之间的温差足够大(通常为70-100度)、凝结表面的形状合理且光滑，才能瞬间完成冷凝步骤，因此，选择合理的冷凝器形式非常重要。
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