分子蒸馏设备的蒸馏过程经历以下过程：
1.分子从主液相到蒸发表面的扩散：通常，液相中的扩散速度是控制分子蒸馏速度的主要因素，因此应尽可能减少液层厚度，并加强液层的流动。
2.液体层表面分子的自由蒸发：蒸发速率随温度的升高而增加，但分离因子有时随温度的增加而降低。因此，应根据加工材料的热稳定性选择经济合理的蒸馏温度。
3.分子蒸馏设备从蒸发面飞到冷凝面：在蒸汽分子从蒸发表面飞到冷凝面的过程中，它们可能会相互碰撞，或与残留在两侧的空气分子碰撞。由于蒸发分子比空气分子重得多，而且大多数分子的运动方向相同，因此它们自身的碰撞对飞行方向和蒸发速度几乎没有影响。残余气体分子的数量是影响飞行方向和蒸发速度的主要因素。
4.分子在冷凝表面上冷凝：只要热表面和冷表面之间有足够的温差，并且冷凝表面合理光滑，就认为冷凝步骤可以在瞬间完成，因此选择合理的冷凝器形式很重要。
分子蒸馏设备的蒸馏条件：残余气体的分压必须非常低，因此残余气体的平均自由程长度是蒸馏器表面与冷凝器之间距离的倍数。在饱和压力下，蒸汽分子的平均自由程长度必须与蒸发器和冷凝器表面之间的距离具有相同的数量级。
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