低沸点温度
分子蒸馏能达到0.001mbar的超低真空度，这是因为蒸发面和冷凝面的距离小于或等于被分离物料的分子平均自由程，而这是传统类型的蒸馏无法达到的。
较小的热应力
进一步降低沸点和在加热柱上的停留时间，可以避免有机物的聚合和分解等反应的发生。所以，特别适合于高沸点、热敏性及易氧化的组成的分离，并且是最温和的一种分离手段。
持续的工作性能
在整个蒸馏过程中，经过校正的数据可以保持不变。分子蒸馏的设备，其结构紧凑，处理量高。
清洗时间短
由于残留物主要集中在蒸发区域，而且，残留量很少，可以在有负荷的情况下，进行清洗。
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