分子精馏设备一般是一种在高真空下进行操作的一种蒸馏的方法，而且这时蒸气的分子的平均和自由程是大于蒸发的表面与一些冷凝表面之间的一部分距离的，并且从而可利用料液中的各个组分蒸发速率的这样的差异，其实对液体和混合物进行了分离。
一般的蒸馏过程是，一些物料从蒸发器的顶部和加入，并且经转子上的料液的分布器从而将其连续的均匀地来分布在加热的面上，而且随即刮膜器都能将料液刮成一层极薄的、呈湍流状的这样的液膜，并且会以螺旋状来向下推进。而且在此过程中，一般从加热面上逸出的一些轻分子，在经过短的路线和一些几乎未经碰撞就到内置的冷凝器上冷凝成了液。
并且残液即重分子在加热区下的圆形的通道中收集，而且再通过侧面的出料管中流出。残余气体的分压需要很低，使残余气体的平均自由程长度是蒸馏器和冷凝器表面之间距离的倍数。在饱和压力下，蒸汽分子的平均自由程长度需要与蒸发器和冷凝器表面之间距离具有相同的数量级。
蒸汽分子在没有遇到其它分子和返回到液体过程中到达冷凝器表面。蒸发速度在所处的温度下达到可能的zui大值。蒸发速度与压力成正比，因而，分子蒸馏的馏出液量相对比较小。
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