分子蒸馏实验物料从蒸腾器的顶部参与，经转子上的料液散布器将其接连均匀地散布在加热面上，随即刮膜器将料液刮成一层极薄、呈湍流状的液膜，并以螺旋状向下推进。
在此进程中，从加热面上逸出的轻分子，通过短的路线或简直未经碰撞就到内置冷凝器上冷凝成液，并沿冷凝器管流下，通过坐落蒸腾器底部的出料管排出;残液即重分子在加热区下的圆形通道中搜集，再通过旁边面的出料管中流出。
一般蒸馏是蒸腾与冷凝的可逆进程，液相和气相间能够构成相平衡状况;而蒸馏进程中，从蒸腾外表逸出的分子直接飞射到冷凝面上，中心不与其它分子发生碰撞，理论上没有返回蒸腾
分馏进程是物理进程,因而可很好地维护被别离物质不受污染和侵害。可极有用地脱除液体中的物质如有机溶剂、臭味等,这关于选用溶剂萃取后液体的脱溶是十分有用的办法。
关于高沸点、热敏及易氧化物料的别离，供给了杰出的别离办法。因为蒸馏在远低于物料沸点的温度下操作,并且物料逗留时刻短。
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